Дисбактериоз при антибиотиках

Здравствуйте! Наш ребенок уже пять дней болеет. Неделю назад у него поднялась температура до 37 градусов. На приеме врач сказал, что нужно сбивать температуру и пшикать горло мирамистином. Ночью температура поднялась до 39,4, но мы смогли ее сбить нурофеном. Днем все было нормально, но к вечеру температура начала подниматься снова, мы вызвали скорую. Врачи сказали, что ничего не видят, горло у ребенка чистое, но посоветовали поехать в больницу, где педиатр сможет проконсультировать нас.

Приехав в больницу, заметили, что у ребенка начались хрипы и он стал говорить осипшим голосом, поэтому его отправили в стационар и ему поставили два укола, а также начались ингаляции каждые 15 минут. Врач поставил диагноз - "ларинготрахеит (круп)". Отечность была снята, температура не поднималась больше, но мы все равно пролежали три дня в больнице и делали ингаляции. Врач сказал, что анализы крови и мочи хорошие и выписал ребенка домой.

Однако, когда мы приехали домой, у ребенка снова началась температура - 37-38,5 градусов. Мы смогли ее сбить, но очевидно, что ребенок подхватил новую инфекцию в больнице. Все члены семьи заболели, у ребенка начался кашель и слышно, что в горле хрипит мокрота. На приеме врач послушала его и сказала, что в легких есть хрипы и назначила антибиотик "амоксицилин на 7 дней", а от кашля мы принимаем "Геделикс". Сегодня врач еще посоветовала делать ингаляции с "Беродуралом", до этого мы делали их только с физическим раствором.

У ребенка начался немного жидкий стул, темного цвета, присутствует слизь, которая похожа на мокроту. Мы думаем, что это связано с лекарствами. Подскажите, пожалуйста, что мы можем дать ему для восстановления микрофлоры и нормализации стула? Спасибо!